涉水车和车窗漏水的车辆在本质上存在区别，且可以通过以下方法进行判断：

1. 原因和外观：涉水车是由于车辆在水中行驶或被水淹没而导致的，而车窗漏水则是因为车窗密封不良或车内外温度差异导致车内出现水汽而形成的。涉水车的车身表面通常会有泥沙、污垢等痕迹，而车窗漏水的车辆则通常会在车窗周围或车内地板上出现水渍或水珠。

2. 位置和受损部件：涉水车的故障通常发生在发动机、电器设备、刹车系统等重要部件，以及地板、座椅、内饰等位置。而车窗漏水的车辆通常会在车窗周围或车内地板上出现水渍或水珠，漏水的位置通常在车窗的边缘或密封条上。

3. 故障现象：涉水车的故障现象包括发动机无法启动、电路短路、刹车失灵等，而车窗漏水的车辆则可能会出现车窗升降困难、车内潮湿、电器设备受潮等。

4. 检查方法：对于涉水车的判断，可以通过检查车辆的发动机舱、内饰、座椅底部等部位是否有泥沙、污垢等来判断是否存在涉水的可能。对于车窗漏水的车辆，可以检查车窗的密封条是否完好，是否存在变形、破损等情况，同时检查车窗边缘是否有水渍或潮湿的情况。

综上所述，涉水车和车窗漏水的车辆存在本质上的区别，并且可以通过对车辆的外观、位置和受损部件、故障现象以及检查方法进行判断。在购买二手车或保养车辆时，建议咨询专业的维修人员或相关机构，以准确判断并采取相应的维修和保养措施。

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